佛教在公元前后传入新疆，是最早到达这里的世界三大宗教之一，也是新疆历史上流传时间最长、信仰人数最多、社会影响最大、文化遗存最丰富的宗教。南北朝时期，形成了于阗、龟兹、高昌三大佛教文化中心，各地高僧辈出，塔寺林立，不仅融合了印度、波斯、中原文化，又有着强烈的西域特点。
于阗，曾为新疆的佛教中心，家家门前筑佛塔，还有不胜其数的寺院。据称在鼎盛时期，达一定规模的寺院有四千余所，小塔数量则超五千。其中的王新寺，由三代于阗王耗费了80年才成。
大概因佛教传入时，新疆正处于奴隶社会，天山南北数十个小国互相征伐，民不聊生。旁还有匈奴虎视眈眈，加重了社会矛盾和人民苦难。所以，以慈悲、善良，甚至忍耐、认命的佛教传入后，立刻受到统治阶级欢迎，大肆提倡，成为让人民消除不满和反抗情绪，维护自身统治的思想利器。
有一说，唐朝时，唐玄宗与阿拉伯的阿拨斯王朝（黑衣大食）在怛罗斯战役中失利，使得原本臣服与唐朝的中亚诸国纷纷投靠信奉伊斯兰教的阿拨斯王朝。当然，更多得学者认为怛罗斯战役本无关痛痒，唐朝退出这片舞台，还是因为安史之乱。之后，喀喇汗王朝也接受伊斯兰教，并宣称为国教，成为新疆历史上，甚至中国历史上第一个伊斯兰王朝，并在公元1006年攻陷了千年佛国于阗，寺院僧房尽毁，僧人也被迫改信伊斯兰教，否则便杀，那是非常惨烈的战争，关于信仰的。
